Nascido em Cuceglio, Itália, em 1935, Juan Zanotto mudou-se com a família para a Argentina aos treze anos de idade. Descobriu Flash Gordon de Alex Raymond e mais tarde passou a estudar desenho na Escola Norte-Americana, que mais tarde se tornou a Escola Pan-Americana.
Iniciou sua atividade profissional na editora Publicaciones Universales, um anexo da editora Códex, onde inicialmente trabalhou cortando fotolitos e completando quadros de histórias em quadrinhos. Dentro da mesma editora lhe ofereceram a oportunidade de criar um personagem, junto com o roteirista Julio Alfredo Grassi, um cowboy cômico chamado "Rick de la Frontera" para a revista Ases del Oeste. Ele também criou "The World of the Red Man" com Grassi, que tratava de lendas dos índios americanos ficcionalizadas para a mesma editora. Mais tarde fez alguns trabalhos de ficção científica, que viria a ser um dos gêneros mais fortes do cartunista, e também histórias em quadrinhos sobre a Segunda Guerra Mundial para a editora Fleetway, na Inglaterra. Durante o período em que trabalhou para a Fleetway, teve a oportunidade de trabalhar para a Editorial Columba fazendo quadrinhos unitários e, principalmente, adaptações cinematográficas para as revistas D'artagnan e El Tony.
Em 1974, surgiu a revista Skorpio, uma das publicações mais importantes da Argentina, da qual Zanotto foi nomeado diretor de arte. No primeiro número da revista Skorpio, entre outros quadrinhos argentinos e Corto Maltés, de Hugo Pratt, foi lançado o primeiro episódio de Henga, el Cazador, com roteiros de Diego Navarro (Eugenio Zappietro) e desenhos de Juan Zanotto.
Em seu período mais ativo conseguiu criar excelentes obras como Tagh El guerreo del Ocaso (roteiro de Alfredo Grassi), Bárbara e New York Año Cero (ambos com Ricardo Barreiro), Wakatanka (com roteiro de Héctor Germán Oesterheld), Starlight (com Robin Wood), Horizontes perdidos, Falka, Penitenciário, Crônicas do Tempo Médio (com Emilio Balcarce) e Os Caçadores do Tempo.
